Il Vocabolario Treccani dà la seguente definizione di ayatollah:

Adattamento della pronuncia persiana dell’arabo āyat Allāh «segno (o miracolo) di Dio», titolo dato in Iran a eminenti dottori di scienze religiose e giuridiche costituenti quasi una aristocrazia teologica oggi con forte influsso politico. La parola è stata usata talora in senso fig[urato], per indicare persona che ha o si attribuisce la funzione di capo.

L'adattamento, tuttavia, è incompleto, e si limita a una scrittura semplificata della traslitterazione in caratteri latini del termine persiano, privata dei segni diacritici (âyatollâh > ayatollah).

Il termine circola in italiano ormai da decenni, è ben conosciuto e ha una sua specificità. Sembra sensato farne un adattamento pieno, che andrebbe a unirsi ai nomi di altre cariche e dignità del mondo mussulmano, del tutto italianizzati: califfo, emiro, sceicco, sultano, o, per restare nell'àmbito dello stesso paese, scià.

Pronunciandosi aiatollà in italiano (AFI: /ajatolla̍*/), come scrive lo stesso dizionario, la pronuncia è già conforme alla fonotassi italiana: banalmente, possiamo adattare la grafia e scrivere quindi aiatollà.

Tale scrizione, al momento rara, si trova comunque attestata sulla carta stampata, anche in pubblicazioni recenti.

Nelle lingue sorelle troviamo invece adattamenti pieni già alquanto assestati: spagnolo ayatolá, portoghese aiatolá, catalano aiatol·là. Possiamo seguirne il buon esempio. 

Se per qualche motivo si decide di usare comunque il termine in forma straniera, ricordiamo che bisogna scriverlo in corsivo (in quanto forestierismo) o, se non si dispone di questa possibilità tipografica, tra virgolette. Un uso curato del forestierismo riporterà gli opportuni segni diacritici per la resa esatta della parola persiana. Per esempio:

• Il regime degli aiatollà ha un'influenza importante sulla società iraniana.

• Il regime degli âyatollâh ha un'influenza importante sulla società iraniana.